Software-ul Proteome Discoverer accepta mai multe tehnici de disociere, tehnologii de cuantificare si algoritmi de cautare in baze de date pentru identificarea, caracterizarea si cuantificarea proteinelor.

Chromeleon este cel mai avansat software care asigura managementul complet al tuturor datelor cromatografice, indiferent de producatorul echipamentului (multi-vendor automation), indiferent de modelul cromatografului (multiple instrument control).
Dupa cum arata si numele, Chromeleon este astfel conceput incat sa se adapteze cerintelor clientului, atat pentru controlul echipamentelor, pentru achizitia si procesarea datelor cromatografice, cat si pentru automatizarea protocoalelor de lucru pentru asigurarea calitatii. Este construit pe o baza de date care prezinta avantajul interogarilor, reprezentarilor statistice, reprezentarilor grafice sub diferite forme, pentru toate datele achizitionate de la toate cromatografele sau spectrometrele de masa din laborator.